El viaje de la Hayabusa terminó en el desierto de Woomera, en Australia, después de haber salido de la Tierra el nueve de mayo de 2003 y haber alcanzado el asteroide Itokawa, en órbita cercana a nuestro planeta, en septiembre de 2005. El principal objetivo de la sonda era recoger material del asteroide para investigar el origen de la Tierra y el proceso de formación del Sistema Solar y la misión pareció estar en peligro cuando, en una de las maniobras en el asteroide, se produjo un error posiblemente causado por fallos en los giroscopios que controlan en la estabilización. El error en el aterrizaje causó diferentes daños a la sonda y ocasionó el mal funcionamiento del robot de 519 gramos Minerva, que aprovecharía la baja gravedad del asteroide para saltar a diferentes zonas y extraer varias muestras al margen de las que se almacenarían en la cápsula.
El fallo de Minerva, una fuga de combustible en la sonda y la avería de una parte de los motores parecía condenar el éxito de la misión, pero el equipo de ingeniería de la JAXA consiguió mantener un motor en condiciones de volar y mantuvo la sonda en funcionamiento.
A pesar de los problemas durante;; su misión, la sonda consiguió propulsarse hasta la atmósfera terrestre y caer en el espacio designado. La mayor parte de la Hayabusa se desintegró al entrar en contacto con nuestra atmósfera, ocasionando, tal y como muestra un vídeo difundido por la JAXA, un breve espectáculo que continuó con la expulsión de la cápsula de 40 cm que llegó a alcanzar en su caída velocidades superiores a los trece kilómetros por segundo. Como último problema de la misión, los científicos no estaban seguros de que la carga de las baterías de la cápsula serían suficientes para abrir los paracaídas que frenarían el aterrizaje, aunque, finalmente, éste se llevó a cabo sin ningún problema.
La JAXA ha puesto a disposición del público una galería de fotos del proceso de recuperación y analisis inicial de la cápsula, que pueden consultarse aquí.
